Nació en el pueblo de Beqakafra, a 140km. del Líbano, capital libanesa, el 8 de mayo, de 1828.  Era el quinto hijo de Antun Makhlouf y Brigitte Chidiac, una piadosa familia campesina. Fue bautizado a los ocho días en la Iglesia de Ntra. Señora en su pueblo natal, recibiendo por nombre Yusef (José). A los tres años el padre de Yusef fue inscrito en el ejército turco en la guerra contra los egipcios y muere cuando regresaba a casa. Su madre cuida de la familia siendo gran ejemplo de virtud y fe. Pasado un tiempo, ella se casa de nuevo con un hombre devoto quien eventualmente será ordenado sacerdote (en el rito maronita, hombres casados son elegibles al sacerdocio).

Yusef ayudó a su padrastro en el ministerio sacerdotal.  Ya desde joven era ascético y de profunda oración. Yusef estudió en la pequeña escuela parroquial del pueblo.  A la edad de 14 años fue pastor de ovejas y aumenta su oración. Se retiraba con frecuencia a una cueva que descubrió cerca de los pastizales para adentrarse en horas de oración.  Por ello recibió muchas burlas de otros jóvenes pastores. Dos de sus tíos maternos eran ermitaños pertenecientes a la Orden Libanesa Maronita. Yusef acudía a ellos con frecuencia para aprender sobre la vida religiosa y el monacato en especial.

A los 20 años de edad, Yusef es el sostén de su casa. Es el tiempo de contraer matrimonio pero el se siente llamado a otra vida.  Después de tres años de espera, escuchó la voz del Señor: “Deja todo, ven y sígueme”.  Así, una mañana del año 1851 se dirige al convento de Ntra. Señora de Mayfouq, donde fue recibido como postulante. Al entrar en el noviciado renuncia a su nombre bautismal y escoge como nombre de consagración : Chárbel. 

Un tiempo mas tarde lo envían al Convento de Annaya, en donde profesó los votos perpetuos como monje en 1853.  Lo enviaron inmediatamente al Monasterio de San Cypriano de Kfifen, donde realizó sus estudios de filosofía y teología, llevando una vida ejemplar de obediencia y observancia.  Fue ordenado sacerdote el 23 de julio, de 1859 por Mons. José al Marid, bajo el patriarcado de Paulo Massad. Al poco tiempo regresó al Monasterio de Annaya por orden de sus superiores. Ahí pasó muchos años de vida ejemplar de oración y apostolado.  Entre estos, el cuidado de los enfermos, el pastoreo de almas y el trabajo manual en cosas muy humildes.

Chárbel recibió autorización para la vida ermitaña el 13 de febrero, de 1875 . Desde ese momento hasta su muerte, ocurrida en la ermita de los Santos Pedro y Pablo, la víspera de la Navidad del año 1898, se dedicó a la oración (rezaba 7 veces al día la Liturgia de las Horas), la ascesis, la penitencia y el trabajo manual.  Comía una vez al día y llevaba silicio.

El padre Chárbel alcanzó la celebridad después de su muerte. Dios quiso señalar a este santo por numerosos prodigios: Su cuerpo se ha mantenido incorrupto, sin la rigidez habitual, con la temperatura de una persona viva. Suda sangre, ocurren prodigios de luz constatados por muchas personas. El pueblo lo veneraba como santo aunque la jerarquía y sus mismos superiores prohibieron su culto formal mientras la Iglesia no pronunciara su veredicto. Un nuevo miembro de santidad monástica enriquece con su ejemplo y con su intercesión a todo el pueblo cristiano. El puede hacernos entender, en un mundo fascinado por las comodidades y la riqueza, el gran valor de la pobreza, de la penitencia y del ascetismo, para liberar el alma en su ascensión a Dios”. Es el primer santo oriental desde el siglo XIII.