Trabajó por los indígenas Tarahumaras y buscó reducir la cantidad de bebidas alcohólicas que consumían y los reducían al vicio. Vivió en el distrito de Jiménez y allí fue perseguido y en múltiples ocasiones golpeado por grupos masónicos aún dentro de la iglesia pues incluso fue sacado a golpes del confesionario. El Padre Maldonado era sensible a las necesidades de la gente y solía ayudar a los pobres con dinero y ropa y él mismo crio y educó a un huérfano pobre. Le gustaba visitar los campos en tiempo de cosecha y los campesinos le pedían que les bendijera los campos invadidos por plagas de langosta. Son muchos los testimonios de que más de una vez expulsó las langostas de los campos con su oración. Tuvo un interés especial en la educación católica de los niños, los jóvenes y los adultos y les explicaba la historia de la salvación por medio de fotografías y de forma didáctica.
Entre 1926 y 1929 fue constantemente cazado según biógrafos “como a un animal” . Los tres periodos de la persecución religiosa vieron al Padre Maldonado huyendo constantemente de la policía y de los agentes de gobierno. Concluida la persecución regresó a su parroquia de Santa Isabel pero luego surgió otra persecución que fue muy sentida en el estado de Chihuahua por lo que volvió a la clandestinidad. El Viernes Santo de 1936, mientras regresaba a su escondite en el poblado llamado La Boquilla, en Santa Isabel, después de una visita para ayudar a una mujer moribunda en la vecindad de la estación del tren del mismo pueblo, fue emboscado junto con sus acompañantes. Al día siguiente se contaron doscientos cartuchos en el lugar de la emboscada.
El miércoles de ceniza de 1937, 10 de febrero, fue detenido por esbirros del gobierno quienes lo sacaron de su escondite en una ranchería y lo llevaron descalzo hasta el edificio del ayuntamiento. Allí fue golpeado salvajemente, le fracturaron el cráneo y le saltaron el ojo izquierdo. Llevaba consigo una píxide con la eucaristía la cual cayó al piso. Sus verdugos tomaron las hostias y se las metieron en la boca diciéndole: “Comete esto”. No sabían que así cumplían la última voluntad del santo.
Al comprobar su estado grave dejaron que fuera llevado a Cd. Chihuahua donde murió el 11 de febrero de 1937, en el día del aniversario número 19 de su cantamisa. La causa de su muerte fue una brutal y salvaje golpiza que le causó un severo daño cerebral y heridas en diversas partes del cuerpo.
Fue sacerdote de la diócesis de Chihuahua y hasta el momento de su muerte había estado ejerciendo su ministerio en la parroquia de Santa Isabel, que tiene su sede en el pueblo del mismo nombre, al que los revolucionarios pocos años antes habían cambiado por el de General Trías, con la intención de borrar de la geografía chihuahuense toda alusión al catolicismo. Posteriormente el pueblo retomó su nombre original, que fue dado por los primeros misioneros franciscanos en honor a Santa Isabel de Hungría, terciaria franciscana.
En el Registro Civil de la ciudad de Chihuahua, en el libro número 117, de la Sección de Defunciones, está registrada el acta número 171, firmada por el Juez del Registro Civil en la que hace constar que a las 17 horas. 15 minutos, del jueves 11 de febrero de 1937, recibió un oficio del Juzgado 1º de lo Penal, número 106, del Distrito Morelos, Chihuahua, en el que se le comunica que le fue practicada la autopsia de ley al cadáver de quien en vida llevara el nombre de Pedro Maldonado y se ordena proceder de inmediato a su inhumación. Según esa misma acta, el difunto contaba al momento de fallecer con 42 años de edad, era sacerdote católico originario de la ciudad de Chihuahua y vecino de General Trías.
Tanto el testimonio del juez, los testigos oculares y los documentos relacionados con el caso coinciden en que fue muerto por homicidio. Para el pueblo de Chihuahua, así como para sus hermanos sacerdotes y el obispo diocesano, don Antonio Guízar y Valencia, el Padre Maldonado fue un mártir. Esta firme y constante creencia popular fue confirmada por la voz oficial de la Iglesia cuando el Papa Juan Pablo II lo declaró beato en 1992 y lo canonizó en el año 2000.
Historiadores afirman que el asesinato del P. Maldonado conmocionó no solo al pueblo de Chihuahua sino también más allá de las fronteras del estado y de México. Todavía más que la muerte de Pancho Villa. Esto ocurrió a finales del gobierno del general Lázaro Cárdenas, y la conmoción que provocada con el asesinato no benefició al gobierno recién instalado de Talamantes y provocó el escepticismo en los esfuerzos y la autenticidad de Cárdenas por pacificar a México. El expresidente Plutarco Elías Calles quién inició la persecución a los católicos más feroz en la historia de México vivía en exilio en los Estados Unidos, deshonrado públicamente y arrojado del poder por su propio hijo político. Tras el mártirio del P. Maldonado la libertad religiosa fue un hecho en Chihuahua desarticulando en pocos meses la ardua labor del gobierno y las logias masónicas por descristianizar el norte.
